В настоящее время в Мореходном институте обучаются как курсанты, так и студенты по трем специальностям. Курсанты проходят плавательные практики на учебном парусном судне «Паллада», учебном тренажёрном судне «Евгений Краснов», где они приобретают практические навыки и имеют возможность посетить иностранные порты. Кроме того, они проходят практики в индивидуальном порядке на судах различных рыболовных компаний. Выпускники института получают диплом о высшем образовании и первый рабочий диплом.